Nacida el 11 de febrero de 1969, Jennifer Anastassakis creció en una pequeña villa californiana. Su familia, originaria de Grecia, se trasladó a Nueva York tras haber vivido un año en el país helénico. Fue en ese momento que dejaron atrás sus raíces griegas y pasaron a llamarse Aniston.

Su interés por la interpretación le vino de familia. El mismo año que partieron hacia Nueva York, John Aniston, padre de la actriz, consiguió un papel en el culebrón Los mejores años de nuestra vida y además, su padrino fue Telly Savalas, más conocido por su papel del famoso detective Kojak.
Sus padres se separaron cuando ella tenía 9 años de edad. Después del divorcio, ella se crió en Nueva York con su madre.

Aniston tomó su vocación de actriz después de ver Children of A Lesser God en Broadway. A los 11, Aniston se unió al Rudolf Steiner School's of drama club. Aniston era, y todavía es, una artista muy talentosa y a la temprana edad de 11 años, expuso una de sus pinturas en una exposición del Museo Metropolitano de Nueva York.

A los 15, Aniston fue aceptada en la escuela superior Para Los Artes de Nueva York. En 1987, después de graduarse en la escuela superior, Aniston pasó un año de su vida con su madre. No quiso ir al colegio. En vez de eso, trabajó en un burger llamado Jackson Hole en Manhattan. Durante esos días, Aniston hizo papeles en producciones de fuera de Broadway como For Dear Life en New York's Public Theater y Dancing On Checkers Grave.
Entonces, un episodio piloto de un espectáculo llamó "Friends like us" se dio a conocer. Aniston se probó originalmente para el papel de Monica, pero ella convenció a los productores que ella se sentía mucho más cómoda con el caracter de Rachel y ellos aceptaron.
En Julio de año 2000 se casó con el actor Brad Pitt. Anteriormente había sido novia del actor Tate Donovan.
Brad y Jennifer se separaron en el mes de Enero del año 2005.
Con posterioridad se le rumoreó por la peor prensa amarilla , una relacion con el actor Vince Vaighn, cuando en realidad no eran mas que amigos.

Algunos de sus últimos trabajos cinematográficos son "Sin Control" ( 2005 ) o "Dicen Por Ahi" ( 2005 ) , comedia romantica dirigida por Rob Reiner.